Metodika pre výpočet finančnej analýzy projektu, ktorá je uverejnená ako súčasť výzvy ROP-1.1-2008/01 bola určená Riadiacim orgánom pre ROP v spolupráci s Centrálnym koordinačným orgánom a vychádza z Pracovného dokumenty 4 Príručka metodológie na vypracovanie analýzy nákladov a výnosov, ktorú vypracovala Európska komisia a ktorá určuje princíp výpočtu výšky NFP. Pre tento typ infraštruktúry je tzv. referenčné obdobie stanovené na 15 rokov, t.j. finančná analýza sa vypracováva vo forme odborného odhadu na toto obdobie. Stanovenie výšky NFP v zmysle článku 55 nariadenia (ES) 1083/2006 je založené na určení miery tzv. "medzery vo financovaní projektu", t.j. podielu diskontovaných nákladov počiatočnej investície, ktorý nie je pokrytý diskontovaným čistým výnosom projektu. Diskontná sadzba je pre Slovensko stanovená na úrovni 5 %. Maximálna výška príspevku predstavuje vždy (vo všetkých prípadoch) 95 % z celkových oprávnených výdavkov na projekt