Benchmarky sú smernými ukazovateľmi a sú základným hľadiskom pri hodnotení nákladovej efektívnosti projektu (napr. investičné výdavky na žiaka alebo klienta, investičné výdavky na rekonštrukciu 1 km cesty určitej kategórie a pod.). Výška benchmarku je definovaná individuálne pre každé opatrenie v Programovom manuáli ROP. V prípade, že nákladová efektívnosť projektu sa odchyľuje od príslušného benchmarku (nedosahuje alebo prekračuje interval stanovených hodnôt), je to zohľadnené v procese hodnotenia. Benchmarky sú stanovené v zmysle pravidiel daných na európskej a národnej úrovni a ich dodržiavanie sa posudzuje a vykazuje aj na úrovni opatrení a operačného programu.